Převládajícím náboženstvím je římsko-katolické, které vyznává přes 80 % Chorvatů. Srbové jsou z valné části náboženství pravoslavného – 7 %. Žije zde také přibližně 1,2 % muslimů, především Bosňanů, a 0,4 % protestantů, kteří pocházejí především z řad maďarské komunity. V Záhřebu se nachází také úzká komunita Židů.
Po odchodu velkého počtu Srbů v důsledku válečného konfliktu na Balkáně došlo k výraznému snížení počtu osob hlásících se k pravoslavnému náboženství.
